Bankowość internetowa przez pewien czasu wzbudzała obawy, głównie ze względów bezpieczeństwa pieniędzy i danych osobowych. Wiadomo w sieci grasują nieuczciwi internauci wysyłający spamy i wykradający dane bankowe. Aby zyskać zaufanie klientów banki musiały udowodnić, że dbają o bezpieczeństwo kont bankowych, kart i danych klientów. Dla klientów o wiele ważniejsze od korzystnej oferty jest bezpieczeństwo transakcji i środków finansowych. To wręcz podstawa zaufania między instytucją bankową a klientem. Wszystkie banki oferują bankowość elektroniczną i stosują nowoczesne techniki zabezpieczania danych. Do najpopularniejszych technik bezpieczeństwa zalicza się: szyfrowanie transmisji danych, realizowane na pośrednictwem protokołu SSL , proste uwierzytelnianie – (identyfikator, hasło, PIN) ,silne uwierzytelnianie – certyfikat użytkownika, token, klucz prywatny oraz podpis elektroniczny. Jest rzeczą oczywistą, że troska o bezpieczeństwo danych jest wspólną sprawą klienta i banku. Ze strony banku wszystkie wymienione powyżej zabezpieczenia spełniają wymogi bezpiecznych transakcji przez internet. Jest jeden kluczowy warunek bezpieczeństwa – dbanie o bezpieczeństwo konta i karty po stronie klienta. Użytkownik konta internetowego nie może podawać PIN-u i hasła do konta osobom trzecim. Banki nigdy nie podają takich informacji innym osobom, co więcej nie znają kodów PIN. To informacja dostępna jedynie dla klienta i objęta tajemnicą bankową.
